北京化工大學(xué)計(jì)劃招標(biāo)采購分子模擬及藥物設(shè)計(jì)軟件1套，現(xiàn)對技術(shù)指標(biāo)和招標(biāo)工作說明如下：
一、技術(shù)指標(biāo)
(1) 藥物設(shè)計(jì)軟件
功能 技術(shù)指標(biāo)
基礎(chǔ)界面模塊
(能提供4個(gè)用戶（含）界面以上） l）可以實(shí)現(xiàn)分子結(jié)構(gòu)搭建，優(yōu)化，比較，結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的可視化，注釋，硬拷貝等；
2）可以做分子動力學(xué)；可以加入任意多種溶劑，考察在不同溶劑環(huán)境中生物大分子的性質(zhì)；
3）可以做周期邊界動力學(xué)模擬；
4）可以計(jì)算符合某種性質(zhì)的表面面積；
5）可以生成離子通道和分子內(nèi)空穴表面；
定量構(gòu)效關(guān)系研究 l）提供應(yīng)用最廣泛的三維定量構(gòu)效關(guān)系模塊；
2）提供可以基于三維定量構(gòu)效關(guān)系結(jié)果進(jìn)行虛擬篩選的工具；
小分子構(gòu)象分析分析研究和分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化 1）提供至少兩種以上構(gòu)象搜索方法；
2）要求分子轉(zhuǎn)化工具能迅速，能批量的將多種格式的分子非常精確的由二維轉(zhuǎn)為三維；
藥效團(tuán)分析和分子疊合 1）提供三維藥效團(tuán)模建工具；
2）可以自動生成藥效團(tuán)模型和分子疊合；
3）分子疊合結(jié)果可以用于數(shù)據(jù)庫搜索和3D-QSAR 研究；
基于大分子的虛擬篩選工具 1）提供可生成原型分子模型的分子對接軟件；
2）對接時(shí)可保持小分子的部分結(jié)構(gòu)不動；
3）提供FlcxX 的圖形界面；
4）可以進(jìn)行DNA 一蛋白對接，多膚一蛋白質(zhì)對接；
生物大分子基本平臺和同源模建 l）可以搭建、編輯、顯示和分析膚、蛋白質(zhì)、DNA 很NA 和碳水化合物結(jié)構(gòu);
2) 要求軟件在靶標(biāo)活性位點(diǎn)未知的情況下可以搜索活性位點(diǎn)，要求軟件可以分析搜索到的活性位點(diǎn)的疏水區(qū)，親水區(qū)，正電區(qū)，負(fù)電區(qū)，氫鍵的給體和供體部位。
3) 要求軟件可以利用已知活性化合物的化學(xué)特征定位靶標(biāo)活性位點(diǎn)。
4）可以采用空腔探測法確定生物靶標(biāo)內(nèi)部或表面潛在的結(jié)合位點(diǎn)，快速識別蛋白質(zhì)中小分子可能的結(jié)合位點(diǎn)；
5）同源模建序列比對采用環(huán)境特異性替換表和環(huán)境特異性的罰分，自動選擇序列對比算法；
7）具有網(wǎng)絡(luò)同步更新的本地蛋白質(zhì)庫；
化學(xué)信息學(xué) l）具有數(shù)據(jù)庫搜索、分析、管理、構(gòu)建功能；
2）可以進(jìn)行基于分子二維結(jié)構(gòu)，三維結(jié)構(gòu)，相似性，藥效團(tuán)的數(shù)據(jù)庫搜索；
3）可以直接定義活性位點(diǎn)中的供體原子，受體原子等做為提問條件，進(jìn)行虛擬篩選；
4）可以定義兩個(gè)原子間連接化學(xué)鍵的個(gè)數(shù)，以此生成符合要求的化合物；
5）可以基于QSAR 模型進(jìn)行虛擬篩選；
軟件接口程序 1）提供半經(jīng)驗(yàn)、量化軟件計(jì)算接口；提供其它對接軟件接口；2）提供多個(gè)數(shù)據(jù)庫供虛擬篩選用；
服務(wù) 1）提供軟件使用專業(yè)培訓(xùn)；
2）提供終身免費(fèi)電話，Email 技術(shù)支持；
3）提供軟件小版本免費(fèi)更新；
4）提供的數(shù)據(jù)庫為永久版本；

投標(biāo)商需要具備以下資質(zhì)：
1、投標(biāo)軟件必須是國際通用、技術(shù)成熟的商用軟件，能提供統(tǒng)一完整的linux 和windows 計(jì)算環(huán)境。
2、模擬軟件各模塊之間可以實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)共享，并且可以和數(shù)據(jù)庫產(chǎn)品聯(lián)合使用。
3、產(chǎn)品在中國需要有廣泛的用戶基礎(chǔ)，直接用戶數(shù)量大于50 家，同時(shí)產(chǎn)品在中國需要有3 年以上的推廣歷史。
4、投標(biāo)商需要在中國有常駐辦事處或分公司，可以及時(shí)解決用戶提出的相關(guān)軟件技術(shù)問題并做好軟件的售后服務(wù)。
(2) 量子化學(xué)計(jì)算軟件
功能：計(jì)算分子能量和結(jié)構(gòu)，過渡態(tài)能量和結(jié)構(gòu)，鍵和反應(yīng)能量，分子軌道，多重矩，原子電荷和電勢，振動頻率，紅外和拉曼光譜，核磁性質(zhì)，極化率和超極化率， 熱力學(xué)性質(zhì)，反應(yīng)路徑等。計(jì)算可以對體系的基態(tài)或激發(fā)態(tài)執(zhí)行�？梢灶A(yù)測周期體系的能量，結(jié)構(gòu)和分子軌道。
版本：Windows, Linux版本, 及Windows下的可視化功能。
(3) 分子動力學(xué)專業(yè)模擬軟件
功能：適用于大分子，特別是生物大分子的模擬，包括能量最小化，分子動力學(xué)和蒙特卡羅模擬等�？梢詾橛脩籼峁┨幚砀鞣N小分子、大分子（包括蛋白質(zhì)、核酸和糖）的經(jīng)驗(yàn)化能量計(jì)算，包括：相互作用能及構(gòu)象能量、局域最小化、旋轉(zhuǎn)勢壘、與時(shí)間相關(guān)的動力學(xué)行為、振動頻率等。模擬過程提供了有關(guān)分子結(jié)構(gòu)、相互作用、能量等信息。
版本：Linux版本
(4) 建立共同研發(fā)和共同開發(fā)軟件的聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室；
藥物設(shè)計(jì)軟件方面能提供20個(gè)用于教學(xué)研究的用戶數(shù)，并建立共同研發(fā)，共同開發(fā)軟件的聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室。
二、招標(biāo)工作
1、購買招標(biāo)文件時(shí)間：2010年7月19日，14:00-16:30 。
2、購買招標(biāo)文件地點(diǎn)：北京化工大學(xué)國有資產(chǎn)管理處設(shè)備科（朝陽區(qū)北三環(huán)東路15號北京化工大學(xué)辦公樓112室）。
3、招標(biāo)文件售價(jià)：每本售價(jià)人民幣500元，售后不退。
4、投標(biāo)截止時(shí)間和開標(biāo)時(shí)間： 2010年7月21日上午8:30 (北京時(shí)間)；逾期收到或不符合規(guī)定的投標(biāo)文件恕不接受（根據(jù)委托方要求，如有變化，另行通知）。屆時(shí)請貴方派代表出席開標(biāo)儀式。
5、開標(biāo)地點(diǎn)：北京化工大學(xué)會議中心小會議室。
6、聯(lián)系人***